หลักการออกแบบระบบ NDID เป็นแบบ Data Security and Privacy by Design เป็นบริการที่มี ความปลอดภัยสูงด้วยการเข้ารหัสในการรับส่งข้อมูล และระบบไม่มีการรวมศูนย์เก็บข้อมูล ข้อมูลยังคงอยู่กับหน่วยงานที่ดูแลข้อมูลและให้บริการลูกค้า
ระบบถูกออกแบบภายใต้แนวคิด Decentralized ด้วยเทคโนโลยี Blockchain ซึ่งผู้ดูแลระบบคือ บริษัท เนชั่นแนลดิจิทัล ไอดี จำกัด จะไม่สามารถเห็นข้อมูลใดๆของลูกค้า หากเปรียบเทียบวิธีการของ NDID Ecosystem กับวิธีการในปัจจุบันที่ใช้เอกสารสำเนาในการสมัครบริการต่างๆจะมีความปลอดภัยมากกว่าเดิมอย่างมีนัยสำคัญ